Sorge su una villa romana del II secolo a.C., che, tra l’VIII ed IX secolo, fu adattata a Monastero benedettino, col nome di S.Gilles.
Qualche secolo dopo, accanto all'edificio conventuale, sorse una chiesa dedicata a S.Maria Maddalena.

Nel 1113, il signore del Feudo di Nocera, il principe longobardo Giordano di Capua, donò il Monastero e le terre circostanti a Leone, Abate del Monastero di S.Trifone di Ravello.

Nel 1438, con la distruzione di S.Trifone da parte degli Aragonesi, il Monastero di S.Egidio divenne Sede Abbaziale e, nei secoli successivi, fu spesso retto da Vescovi, Arcivescovi e Cardinali.

Nel 1506 ebbe inizio un intervento di ristrutturazione totale dell'edificio che durò fino al 1542 e che lo trasformò nella struttura ancora oggi visibile.

Nel corso dei secoli, l'Abazia, già adornata dagli affreschi di epoca duecentesca e trecentesca, si arricchì di numerose altre opere d'arte, come il Polittico di Andrea da Salerno e le tele di Gio.Antonio d'Amato, Luca Giordano e Angelo Solimena.